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第七集：解药（The Counteragent）
沃恩包起了受伤的手指，来到Irina的牢室，她感谢他为马达加斯加行动作证。沃恩承认自己病了，他问Irina拿真人做红球试验后，Khasinau有什么发现，Irina反问他是否爱西德妮，沃恩回答说，如果她提供帮助，他会让西德妮知道。
威尔告诉西德妮1982年的标准测试材料不在公共纪录中，她解释了“圣诞计划”并说沃恩认为，俄国情报组织仍然在用其招募美国特工。
CIA，西德妮听说沃恩病了，她问Irina是否有解药，得到回答说爱莎尼亚的Paldiski有一个前苏联的核潜水艇水兵训练基地，但是解药具有遗传特效性，所以西德妮必须从沃恩的血液中造出解药。沃恩入院，医生说他只能活三天，西德妮抽了他的血样，和他握手告别，出来的时候碰见了沃恩的女朋友爱丽斯(Alice)。
斯隆向杰克承认，他对自己在12联盟内的地位没有安全感，而且必须前往东京向Kristof坦白爱米莉的事。为了找出Derevko的手术基地，他对Richter百般拷问。
第八集：通道：上（Passage Part I）
西德妮私下告诉Sark，如果他胆敢多嘴，自己一定有仇必报。Sark向她保证说为了他自身的安全也一定会保持沉默。西德妮仍不放心，问Irina自己是否要告诉Sark双重间谍的身份，Irina要她千万不可以。
SD-6，斯隆向上级报告Sark已经投诚，并以情报为交换条件，求得免罚，他保证Sark不会违反约定，Sark自己也说背叛他们自己得不到好处。
斯隆给西德妮和迪克松布置了新任务：去购买乌兹别克军队使用的密码。邻国塔吉克斯坦的极端分子武装准备利用密码发动恐怖袭击，SD-6想研究他们的行动。从西德妮嘴里得知这个消息的Irina，坚持要求假释48小时但拒绝透露去做什么，因此没有得到许可。
Sark告诉斯隆，西德妮怀疑他并不是真正自首，鉴于杰克与西德妮的父女关系，他们决定不让他知道密码的真正用途。Sark离去，斯隆接到神秘人的电话，要他交出SD-6所有投资帐号，否则就要他为妻子爱米莉的死负责，斯隆不为所动，与之针锋相对。
西德妮和迪克松在乌兹别克斯坦拿到了装在箱子里的密码，但是如果没有箱子主人的指纹确认，开启时箱子就会爆炸，而箱子的主人--一名乌兹别克士兵已经被暗杀。迪克松化装成乌兹别克士兵，把西德妮的“尸体”送进了太平间。西德妮找到了那名士兵并获得他的指纹，然后杀出重围与迪克松会合。
第九集：通道：下（"Passage Part 2）
CIA总部，沃恩听说巴基斯坦叛乱武装（PRF）要伏击西德妮、杰克和Irina，派遣救援小组可能激怒巴基斯坦当局。更糟的是，沃恩收到备忘录中说次日核弹头将被激活。他把这个消息通知了西德妮，她开玩笑说别的家庭去打高尔夫，他们一家却去找核弹头。三个人化装成巴基斯坦人，前往PRF基地。Irina建议最容易的办法就是从雷区旁边的一处下水管通进去，杰克将信将疑，但他们别无选择。
SD-6，Sark告诉斯隆他和PRF的头子Gerard Cuvee谈过，等行动结束后他会把“结果”传入服务器。斯隆又接到另一个有关他妻子的神秘电话，那人要求他24小时内汇出1亿，否则下个电话将会打给12联盟。
靠近PRF设施的地方，西德妮一行再次受到袭击。杰克给了Irina一支枪，三人联手打退了敌人。杰克掉入地雷陷阱，稍有动静就会触发爆炸。在Irina指导下，西德妮拆除了炸弹的引信。
同时，沃恩发现印度已经得知了核武器的事，准备在24小时内向巴基斯坦叛乱武装发动空袭。
第十集：诱导（The Abduction）
西德妮告诉威尔，如果他接受心理评估测试，Devlin就会支持他继续调查。弗兰茜对两人神秘的样子感到好奇。Irina向西德妮解释自己为克格勃工作的原因，并为抛弃女儿深深悔恨，母女俩拥抱在一起，但被警卫拉开。
克什米尔的任务失败后，斯隆对Sark产生怀疑，Sark宣誓效忠，并称SD-6内部可能有人泄秘。斯隆派西德妮和Sar一起执行任务。国家安全局（NSA）的Echelon卫星系统，可以过滤掉危害国家安全的指令。Cuvee在巴黎拥有一套终端设备，并将通过武装护送将其运走。西德妮他们必须偷到终端并带回SD-6。
CIA，沃恩给西德妮下达了同时的任务，让她带上删除程序输入终端，当SD-6一打开设备，硬盘就会被清空。沃恩还告诉她，爱丽斯的父亲去世了，她表示哀悼。
杰克对Irina说他相信，她和Sark仍然还是一伙人，他提出交换条件，只要她充分解释自己投诚的原因，他就会重新安排，把她送往Puget的秘密监狱。
第十一集：高级系统（A Higher Echelon）
西德妮向威尔透露了自己的任务，并且相信马歇尔在CIA保护下很安全。马歇尔却落在了Cuvee一个Suit and Glasses组织手里，受尽拷问，要他说出Echelon 操作系统在哪里。受到死亡恐吓的马歇尔同意凭借记忆重写一遍Echelon密码。
CIA，沃恩告诉西德妮马歇尔被Cuvee绑架，解救小组正在四处搜寻他，西德妮觉得自己负有责任。而且最大的问题是，马歇尔被绑架前，已经把Cuvee的Echelon入门程序用e-mail发给了SD-6。
SD-6，斯隆透露，马歇尔的邮件被破成几个数据包，通过ISP发往世界各地的SD-6组织。在越南发生错误，所以数据包未能传输成功。他派西德妮和迪克松去胡志明市找回数据。斯隆装出关心马歇尔的样子，同时与SD-4联络，寻找能替代他的人。西德妮的CIA任务是用破坏的文件换下真正的数据。
西德妮告诉CIA，Cuvee可能利用在线的反向工程以获得软件。但是想进入Echelon系统需要一个切入点，如果找到的话，就可以阻止Cuvee使用软件。很不幸他们找不到切入点。沃恩说Irina相信可以找到后门，她的条件是她可以不受限制进入Echelon系统，她说只要满足她的要求，CIA的技术人员就会发现保安系统如同一盘散沙。Kendall拒绝了她的提议。
第十二集：逃亡（The Getaway）
杰克在黑漆漆的影院和人接头时遭到突袭，幸亏西德妮赶到营救。他解释说他被怀疑是敲诈斯隆的人，所以联盟的特工在追杀他。敲诈内容与爱米莉有关，Kane设计陷害他，而且发现了他的秘密。
SD-6，斯隆交给西德妮一项新任务，找到Triad量子回转导弹引导系统。她和迪克松要在半路拦住Carl Shatz，他正是把系统从柏林送往法国东部实验室的人。沃恩要西德妮得手后，交给SD-6一个有缺陷的系统，同时他也将前往法国携助她。
斯隆告知杰克，联盟在他的脖子里植入了一个跟踪装置，所以他只能告诉Kane自己来过。斯隆表示他相信杰克，并说出Jacques Breo是死在自己手上的联盟成员。斯隆认为敲诈的人是想向他复仇。杰克与Irina谈起此事，承认需要她精明的头脑。Irina说他们要搞到Breo所有的资料。Kane向斯隆提出猜测，西德妮可能是双重间谍。
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