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第十三集：空中搏斗（Phase One）
在一架豪华舒适的747客机上，西德妮扮成应召女郎，为一个胖男人展示内衣，趁他不备将他锁喉，逼问出47服务器的下落后将他打晕，从终端下载了数据文件。她在飞机上找降落伞时，醒来的胖男人向她开了枪……
CIA，沃恩把西德妮拉到一边，表达了自己对她的感情和担忧，所以两人合作不再那么默契。她表示同意，他们意识到两人的感情有助于打败SD-6。Weiss插进来，结束了他们的谈话。Kendall透露，斯隆在SD-6的领导位置已经被Anthony Geiger所取代，西德妮和杰克的新任务就是和Anthony套近乎。
SD-6，西德妮向Geiger做了自我介绍，表示忠心，并承认丹尼被杀是自己的错误。稍后Sark告诉她很担心Geiger，因为他查看了47服务器里斯隆的秘密文件。西德妮告诉杰克，这台神秘的服务器里可能存有关于12联盟的关键资料，他们可以从中发现联盟的弱点所在。
沃恩找到了47服务器所在位置，原来是在一架始终在飞行747飞机上，除了加油时才会降落，看管服务器的是一个名叫Macor的男子，他正是剧情开始时那个胖男人。作为他“空中飞人”生活的补偿，他可以不受限制把应召女郎带上飞机作乐。西德妮扮成高级妓女，设法混上飞机。
第十四集：双重间谍（Double Agent）
CIA特工Jim Lennox和搭档Emma Wallace在床上，她告诉他自己想回斐济，他同意了。趁Jim去卫生间淋浴的空，Emma赶紧打了一封邮件：“取消行动，Lennox是……”还没来得及打完内容她就被Jim打倒。Lennox给斯隆打电话说他已经暴露，让他公开此事。结果Wallace被绑上C-4炸药，用一辆卡车扔在了柏林的街上。
洛杉矶，沃恩告诉西德妮马歇尔和迪克松都被责令不得泄密，斯隆现在是国际警察组织的头号通缉犯。另外他还告诉她自己和爱丽斯分手了。Weiss介绍了Christine Phillips，刚刚毕业的秘密特工，来这里实习几个月。特工们一起观看了Wallace被Lennox炸死的新闻现场。
Kendall告诉属下，Wallace的任务是获得科学家Enzo Markovic博士的信任，从而打探出他发明的Helix是不是武器。据信Enzo去了多米尼加共和国Cayo Cancho的一个秘密实验室。Lennox可能也在那里或者已经死了。西德妮和沃恩的任务就是弄到情报并且把Lennox带回来。
沃恩来到住所接西德妮，她把他介绍给弗兰茜，却发现她的神情有些奇怪。
第十五集：自由间谍（A Free Agent）
西德妮与沃恩谈天时提到自己快毕业了，想退出情报组织。Kendall拒绝了她的辞呈，并补充说作为普通公民的她不能再见到母亲。希望女儿脱离CIA的Irina则表示，如果她再留在CIA就不再见她。
Sark在长滩水族馆绑架了数学家Neil Caplan一家三口，把他们送往瑞士，在那里斯隆给Caplan看了Rambaldi手稿，解释了自己30年来在这上面花费的心血。
西德妮准备毕业时，斯隆打来电话表示祝贺。他承认知道她和杰克是双重间谍，并且利用他们脱离了12联盟。他警告西德妮不要坏他的事。CIA，Kendall告诉西德妮，斯隆绑架Caplan是为了利用他从Rambaldi的作品中制造出武器。她意识到打击邪恶的斗争没有尽头，开始重新考虑辞职要求。
西德妮告诉迪克松他的罪名洗脱，并请他加入CIA。但是他觉得受到利用，不想再见到她。回到家迪克松向妻子坦白了一切，并发誓以后决不再欺骗她，她表示，如果他进入CIA就会离开他。
第十六集：燃烧弹（Firebomb）
沃恩在银行地下室解除C-4炸药，西德妮开着斯隆的车和他离开了银行，路上她告诉斯隆他是CIA的要犯。得知炸弹被解除后斯隆从车上跳上另一辆卡车，甩掉了西德妮。在CIA，Kendall和西德妮为斯隆争执起来，谁也不服谁。
沃恩在西德妮家里接到Weiss的电话，结果发现了藏在墙里的的窃听器，录有先前的对话。在CIA马歇尔说他在SD-6时就做好了窃听器，可以定期把内容转发到接收器，所以被沃恩发现。杰克要马歇尔通过反向程序找出通话的内容传给了谁。
瑞士，Caplan的实验完成，新产品也准备好了，Sark准备对它进行测试。斯隆飞往坎大哈，与帕坦军阀Ahmad Kabir会面，说服他成为自己邪恶计划的同谋。
西德妮家中，弗兰茜想与她好好谈谈，说她们最近越来越生疏了，但西德妮接到沃恩的电话后很快离去。弗兰茜意识到窃听器被发现了，她打电话给Sark，后者指示她在洛杉矶找一个替死鬼，所以她杀了水管工并嫁祸于他。
第十七集：黑色转变（A Dark Turn）
一架电梯从40楼坠落，里面的三个人全部身亡。Sark撬开门从其中一人身上搜得钱包，这人是俄罗斯的军火商，名叫Yuri Karpachev。Kendall告诉杰克Karpachev是Irina的联络人之一。
Irina告诉杰克Karpachev的钱包里有保险柜的钥匙，斯隆相信里面放有Rambaldi原稿，其实没有。她说Karpachev 把它卖给了曼谷一个叫Ilya Shtuka的男人。她建议要想拿到手稿要和Shtuka会面，她希望这次会面能引出斯隆，只要他一被捕，西德妮就可以退出CIA了。
西德妮受命和特工分析家Mitchell Yager见面，他正在调查沃恩。沃恩未经同意擅自与外国警探联系，还与前克格勃刺客Vladimir Prokrowski晤面。Yager向西德妮施压，要她检查沃恩的手提电脑，因为他可能下载了被禁止的译码程序Xenon。
同时，Kendall犹豫不定，是否让Irina和斯隆联络，杰克表示他会护送她前去，用原稿为饵等斯隆上钩。杰克让他放心，并说如果Irina再欺骗他自己知道该怎么做。马歇尔在Irina的肩膀里植入了跟踪装置。
Irina与Shtuka在曼谷的夜总会接上头，他告诉自己用手稿换来了在香港的毒品交易权。Irina干掉了他，杰克护着她杀出重围，两人一起飞往香港，设法拿到手稿。
第十八集：真相疑云（Truth Takes Time）
尽管西德妮抗议连连，沃恩的徽章还是被摘掉，正式接受调查。杰克告诉西德妮Irina逃走且背叛了他们。心碎的西德妮来到Irina住过的牢室，迪克松前来安慰她，她给他看了Irina留下的耳环，并表示宁愿她死了。
在斯隆的飞机上，他和Irina讨论了他们的计划，Irina去德国的基因数据库盗取文件，斯隆则前往托斯卡纳与爱米莉会合。斯隆对西德妮的关心激怒了Irina。在托斯卡纳，斯隆买下一栋别墅让爱米莉大为吃惊。
CIA，杰克接受了Kendall的任务，鉴于他对Irina比较熟悉，他被派去执行抓捕她和斯隆。杰克透露，通过Irina身上跟踪装置，他们可以在12小时确定她的方位。
在打靶练习时沃恩劝西德妮不要参加这次行动，说她不应该追踪自己的母亲。西德妮要他放心，自己开枪时决不会有任何犹豫。
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