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第十九集：最后阶段（Endgame）
迪克松的子弹击中了爱米莉，他向西德妮道歉，并说他已经提出辞职要求。四处躲藏的斯隆复仇心切，不再对探索Rambaldi感兴趣，他告诉Irina只想知道谁杀了他的妻子。
在CIA，因为缺少其他线索，焦虑不安的西德妮向Elsa Caplan提议用催眠术，Elsa愤怒地拒绝了，并为西德妮认为她没有尽力帮助寻找丈夫Neil而难过。Irina给了Neil一个从1000万人身上提取的DNA加密数据库，指望他能找到一个特别的人物。
西德妮在整理情报时注意到，三个打到Caplan家的电话时间很不正常，经过追查，发现是一名与俄国SVR情报组织有牵连的记者Gregory Ivanov，对他进行监视后，西德妮发现他刚刚收到一份传真，内容是“最后阶段”。Elsa承认，Ivanov是她的上司，她嫁给Caplan就是为了监视他。她在他的手臂里植入了氰化物药丸，传真的意思说药丸已被激活，42小时后她的丈夫就会丧命。她告诉西德妮她真的爱上了Caplan。
第二十集：生命倒计时（Countdown）
在Diane的葬礼上，沃恩注意到悲痛的迪克松在偷偷服药，他告诉西德妮，迪克松应该多休息一段时间再回来工作。
Sark建议斯隆去巴拿马城，心烦意乱的斯隆拒绝了，但给了他一个号码，让他有需要的时候打。斯隆承认杀死Diane是一个错误，他准备离开休息一下，让Sark代为负责。
CIA，马歇尔介绍了Rambaldi的作品，在他15世纪的绘画作品中，Rambaldi画出了一个名叫巴拿人的DNA素描，这个人的DNA正是破解他手稿第94页上某些灾难事件预言的密钥。其中一桩将于48小时内发生，且与Di Regno有关，西德妮和迪克松受命去巴拿马城找到他并带回来。但他们到得太晚，Di Regno已经死了，而且心脏也被人挖走。他们发现他也有一个Rambaldi纹身，西德妮还找到一只乳胶手套，上面留下的指纹属于一个名叫Emilio Vargas的杀手。
第二十一集：替身疑云（Second Double）
弗兰茜告诉Sark，CIA相信威尔是被人陷害。Irina得知Sark的通知，但她不许弗兰茜杀掉威尔。弗兰茜催眠了威尔，烧掉了他视网膜上的第二替身的标记。
杰克怀疑威尔偷走了托斯卡纳突袭行动的录像带，于是以间谍罪逮捕了他。从威尔的东西里杰克发现了西德妮和沃恩在她住处外调情的数码录影。西德妮告诉受惊的威尔，视觉扫描显示他的眼睛里有蛋白质沉积，从而证明他就是第二替身。对于西德妮的提问，威尔无法作答，因为弗兰茜选择性地抹去了他的部分记忆。西德妮认为弗兰茜需要被保护起来。
在杀死Diane的炸弹引爆器上发现了威尔的指纹，迪克松来到CIA的监禁室审问威尔，愤怒之下险些闷死他。威尔很快被转送到监狱。Sark要弗兰茜杀掉威尔，以免身份暴露。
第二十二集：真相大白（The Telling）
在CIA，心情沮丧的西德妮和沃恩交换意见。马歇尔开始收到绝密情报：Irina实践了自己的诺言，上传了替身的DNA。西德妮随即告诉威尔他的罪名被洗清，因为网上下载的DNA和他不匹配，而是一个Allison Georgia Doren的人。
西德妮在溜冰场上放松心情，Irina突然出现要她帮忙。西德妮出手但被Irina制服。Irina透露了自己的全部计划。斯隆拥有23件Rambaldi的手工艺品，CIA有24件。所有的手工艺品必须合在一起才有效用，所以她向斯隆建议他们联手打败12联盟，并对位于内华达州NSA实验室的CIA仓库发动突袭。她想让西德妮去抢苏黎世的一个仓库，斯隆的Rambaldi手工艺品全存在那里。
Sark和弗兰茜会面，他以Allison的名字称呼她，并说他们无法反向运行替身程序，因为Markovic的实验室被毁了。
威尔经过调查发现Allison Georgia Doren的名字赫然在“圣诞计划”之列，她被推测还是孩子时就死了，威尔与Doren的双亲联系后得知她的尸体没有经过身份认定。
在苏黎世，西德妮带领一组人突袭了仓库，但是他们没有找到Rambaldi的手工艺品，箱子里塞满了厨房用具。
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